后来经过新埼玉大学考古系教授「宇美乃须藤」的研究证伪了。
第二种，最开初的忍者之神诞生在一个没有开始没有结束永恒不变的绿色帷幕之前，忍者之神起初听到了域外之声。那道声音好似拥有无穷的力量，即使是一阵余声也能撼动绿色的无际。
忍者之神逆推出忍法帖「蕾忍秘术」，并凝聚出最初「蕾克拉」分给忍界的一众忍者…
后来经过新埼玉大学考古系教授「宇美乃须藤」及其学生「片仓·富士雄」的研究，同样证伪了。
——这些都是隐藏在世界的阴暗面里，真实的忍者们搞出来的障眼法！全部都是谎言！专家辟谣，忍者就是不存在的！
很显然，第三种才是「正确的历史」。
——太古之时。
——又称为黑暗时代，神话时代。
大致是在公元前3000-2000年。
忍者始祖「胜万松」诞生。
他是所有忍者的父祖，是忍者中的忍者存在，换句话说就是怒者(nunja)，这个世界的转折点就是忍者之祖「胜万松」的诞生！
就像是凉宫世界里，因为凉宫春日一个念头而爆发出来的各种各样的力量，在北斗世界中，上天选择了北斗初祖修玄，超人拳法开始爆诞！
受到「胜万松」的影响，忍者们被他的光辉照射到，开始大量诞生了。
胜万松的诸多弟子，使徒诞生，强大的忍者与氏族遍地开花。忍者们在暗中操控、统治著世界各地所有的文明，无数的神话与传说都在这时发生，宗教神明或是流传各地的传说与神话人物，其真面目都是忍者，这些忍者如同神明一样强大。
后来，胜万松的最后一名使徒「服部忍者」率领「忍者六骑士」，揭起了对抗怒者的反旗，在惨烈的战争以后，忍者之祖被打倒。
“忍者们用空手道统治了平安时代，但平安时代并不平安——忍者大战忍者，忍者统治凡人，凡人反抗忍者，凡人对抗凡人…之后的历史就像你知道的一样，工业革命爆发，两次的世界大战爆发，太空探索因为Y2K事件与电子战争而停顿，但…”
贾基没有继续说下去，而小季却是接过了他的话头，忍不住出声——
“但忍者并没有消失，只不过是「离开了表面的舞台」。”
在有如浸泡在流水里的奇妙时间感觉中，她——矢本·小季，居然就这样听着那个从异世界来的男人，讲述完了如此不可思议的事情…而她的心情，此时一点也不害怕，反而意外的平静。
“哈啾！”
少女突然打了个可爱的喷嚏。
她紧了紧身上穿着的加厚校服，觉得今年的冬天有些格外…冷。
因为，可怕的、凶残的忍者可能就潜伏在她的周边！！