在法兰西人被赶出意大利后，凯撒·波吉亚对西班牙已经没有价值，相反，他在意大利的威信是国王统治此地的阻碍，他必须确保这个危险人物处于他的控制中，因此他命令他逮捕凯撒，而他真正忠心的主人，伊莎贝拉女王，也赞同了丈夫的决策，或许她本人便是决策的主导者。
他别无选择，他对凯撒的欣赏和友谊并没有到能为他违背忠诚誓言的地步，虽然内心有所不愿，但行动上他仍然忠诚地执行了国王的命令，但当他带领军队来到凯撒的住处时，他却扑了个空，他逃走了。
谁给他报的信，他又逃去了哪里，在不死心地追查了近一月后，他终于放弃了这一目标，将情况汇报给阿尔罕布拉宫。不论凯撒·波吉亚去往何处，他都已经离开了意大利，离开意大利他对西班牙在意大利的利益便不会存在威胁，对他们来说，或许这是一件好事。
，
1504年1月，在西班牙军队攻陷吉埃塔后，法兰西在那不勒斯全部的军事力量都宣告覆灭，路易十二世不得不在和约上签字，承认西班牙对那不勒斯的统治，阿拉贡国王斐迪南二世随即宣布成为唯一的西西里国王斐迪南三世（包含西西里和那不勒斯等全部曾由欧特维尔家族和霍亨斯陶芬家族统治的地区），这意味着持续两百年的那不勒斯问题终于尘埃落定，至少现在看来如此。
与此同时，曾一度在意大利搅弄风云的教皇私生子凯撒·波吉亚逃离了那不勒斯，没有人知道他的去向，对这个已经失去了在意大利全部领地和权力的丧家之犬而言，他的生死似乎也没有那么要紧，忌惮他的敌人和牵挂他的家人或许还会试图寻找他，但他们也不知道他的踪迹。
在主人失踪后，曾受雇于他的列奥纳多·达·芬奇也成为了自由之身，他出乎意料地接过了英格兰的邀约，为威尔士王妃绘制一张画像，因为女儿的缘故，西班牙双王也允许他绕道西班牙前往英格兰履约。当列奥纳多·达·芬奇到达加莱后，在底层船舱里藏匿了近三个月的瓦伦蒂诺公爵也终于重见光明：“好久不见，公爵。”亚瑟对他说，“当法兰西国王意识到您会成为他控制意大利的障碍时，他会毫不留情地抛弃您，阿拉贡国王也一样。”
“您是对的，殿下。”凯撒·波吉亚苦笑道，他已经不敢小觑年轻的王储了，“您是怎么知道贡萨洛要逮捕我的？”
“当阿拉贡国王占据了那不勒斯后，这一天就已经注定会到来了，区别只在于哪一天到来。”亚瑟回答道，“对于英格兰来说，法兰西，西班牙或者德意志占据了意大利都不是好消息，所幸西班牙与我们是姻亲和盟友，现在的状况不至于过分灾难罢了，以上三个国家的共性是自认有能力吞下整个意大利，所以不容许意大利人主宰自己的命运，但英格兰不一样。”