虽然事实上亚瑟一世和查理五世已经没有互信基础，但明面上的面子还是要做的，在弗朗索瓦一世公开支持尼德兰的新教徒暴/动时，亚瑟一世及时将这个消息汇报给查理五世并从加莱抽调一部分海军帮助查理五世，这也令查理五世对姨父的印象稍微缓和了些。
在对弗朗索瓦一世的声讨方面, 查理五世强调弗朗索瓦一世和新教徒联盟的行为, 而亚瑟一世则强调弗朗索瓦一世对封臣权益的践踏, 奥地利的玛格丽特也利用自己杰出的外交手腕将弗朗索瓦一世和引狼入室的新教徒定义为危害国家的恶魔, 使银行家和中立贵族能够摒弃前嫌站在查理五世一方对抗入侵者。
在弗朗索瓦一世和查理五世陷入僵持后，南部的夏尔三世也举起反旗, 公开反对巴黎高等法院的裁决并宣称自己是唯一的波旁公爵，弗朗索瓦一世闻言气急败坏，尤其是他得知英格兰和布列塔尼也在全力支持夏尔三世后，他事实上处于腹背受敌的状态。
南线的战事缓解了查理五世在尼德兰的压力，而针对那不勒斯的继承问题，1524年6月，英格兰的亚瑟一世和实际统治意大利的瓦伦蒂诺公爵签订了盟约和婚约，他借助自己妻子的血统为女儿玛丽公主宣称那不勒斯王位，并将她许配给瓦伦蒂诺公爵的继承人伊波利托·德斯特，商议在玛丽公主年满十八岁后成婚，借着波旁公爵叛乱打通自法兰西南部前往意大利通道的机会，他还一次性向瓦伦蒂诺公爵支付了二十万杜卡特的嫁妆并提供了大量先进的军/火武器。
拿到这笔厚礼后，凯撒·波吉亚直接将矛头对准了美第奇家族，碍于和美第奇的盟约与利奥十世的压力，查理五世向亚瑟提出了抗议，亚瑟的回应则是直接撤回了加莱的海军，将尼德兰的海岸线全部暴露在法兰西的攻击范围内。
尼德兰的暴/动几番阻碍了查理五世南下意大利的计划，这令斐迪南三世多少有些不耐烦，在几番拖延都等不到兄长南下后，斐迪南三世终于忍无可忍，决定自己出兵意大利，他知道他这个决定会面临国内的压力，但他没有想到第一个反对者会是自己的母亲，向来极少主动过问政务的胡安娜女王在得知次子打算和外甥女抢夺那不勒斯王位后罕见地震怒，她以女王的名义公然反对进攻意大利，并威胁如果斐迪南三世执意如此，她将废除他共治者的身份。
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尽管在成年之后已经正式加冕，但斐迪南三世的所有命令都需胡安娜女王签字批准，名字次序也在母亲之后，大多数时候，胡安娜女王都不会对送到她面前的文件有多余的意见，除了这一次。
斐迪南三世不明白母亲对自己到底是什么态度，传言中她十分爱他的父亲，可这样的爱似乎并没有转移到父亲的孩子身上，除了最小的妹妹凯瑟琳，她很少表现出对子女的关爱，她关心远在英格兰的妹妹和外甥女还多一些，对于他，她有时也会做出一些她认为可以彰显她“母爱”的行为，在他批阅公文时突然出现摸一摸他的头，给他送来一些既不适合他阅读对他的孩子又过于艰涩的书籍，或者大张旗鼓地宣称她要送给他一份珍贵的礼物，结果却是带着他来到外祖父母和父亲的陵墓前祈祷数日，并告诉他她已经给他选好了一个位置合适的墓地。